Oferty pracy w projektach finansowanych przez NCN

Nazwa jednostki: Uniwersytet Jagielloński - Collegium Medicum, Wydział Lekarski, Ośrodek Biomedycyny i Nauk Interdyscyplinarnych – Kraków, Inne oferty z tego miasta »
Nazwa stanowiska: Doktorant (Stypendysta)/PhD candidate
Wymagania:

Wymagania (PL):
- mgr kierunków biomedycznych (np. analityka medyczna, medycyna, farmacja, biotechnologia, biologia molekularna i inne)
- osoba zainteresowana zaaplikowaniem do Szkoły Doktorskiej Collegium Medicum UJ w ramach naboru na rok akademicki 2025/2026
- gotowość do ukierunkowania pracy naukowej i zainteresowań badawczych w stronę patofizjologii, biologii molekularnej i farmakologii schorzeń przewodu pokarmowego
- bardzo dobra znajomość biomedycznego języka angielskiego
- zdolność do opanowania i implementacji nowych metod badawczych i protokołów eksperymentalnych (gotowość do opanowania umiejętności pracy z użyciem platformy Seahorse® do oceny aktywności mitochondriów)
- spełnienie wymagań formalnych w kwestii zatrudniania na stanowisku doktoranta w ramach projektów NCN

Requirements (EN):
- Master's degree in biomedical fields (e.g., medical analytics, medicine, pharmacy, biotechnology, molecular biology, and others)
- A person interested in applying to the Doctoral School of Collegium Medicum Jagiellonian University as part of the recruitment for the academic year 2025/2026
- Willingness to focus scientific work and research interests on pathophysiology, molecular biology and pharmacology of gastrointestinal disorders
- Excellent knowledge of biomedical English
- Ability to master and implement new research methods and experimental protocols (willingness to learn to work with the Seahorse® platform for mitochondrial activity assessment)
- Fulfillment of formal requirements for employment as a PhD student within NCN-funded projects

Mile widziane (PL):
- znajomość praktyczna technik biologii molekularnej i biochemii (np. Western blot, PCR, ELISA i inne)
- doświadczenie i umiejętność prowadzenia hodowli komórkowych in vitro,
- doświadczenie naukowe udokumentowane publikacjami (w tym m.in. umiejętność opracowania tekstów naukowych, prezentacji naukowych, planowania prac eksperymentalnych oraz analizy danych z użyciem narzędzi statystycznych)
- znajomość podstawowych technik inżynierii genetycznej (np. klonowanie molekularne, sekwencjonowanie DNA, hodowle bakteryjne) oraz zasad pracy w laboratorium o standardzie BSL2
- zainteresowanie patogenezą i farmakologią schorzeń przewodu pokarmowego, fizjologią i patofizjologią funkcjonalną mitochondriów oraz post-translacyjnymi modyfikacjami białek wewnątrzkomórkowych, a także sygnalizacją endogennych gazowych mediatorów (biosynteza i metabolizm siarkowodoru, tlenku węgla i tlenku azotu)
- zainteresowanie technikami wysokoprzepustowymi (np. proteomika)
- umiejętność pracy w środowisku R
- doświadczenie w pracy naukowej ze zwierzętami laboratoryjnymi lub gotowość do podjęcia się takiej pracy
- umiejętność pracy z biologicznym materiałem klinicznym oraz umiejętność wyprowadzania pierwotnych hodowli komórkowych
- doświadczenie badawcze w jednostkach zagranicznych

Preferred (EN):
• Practical knowledge of molecular biology and biochemistry techniques (e.g., Western blot, PCR, ELISA, and others)
• Experience and ability to conduct in vitro cell culture
• Scientific experience documented by publications (including the ability to write scientific papers, present scientific presentations, plan experimental work, and analyze data using statistical tools)
• Knowledge of basic genetic engineering techniques (e.g., molecular cloning, DNA sequencing, bacterial cultures) and working principles in a BSL2 standard laboratory
• Interest in the pathogenesis and pharmacology of gastrointestinal disorders, the physiology and pathophysiology of mitochondrial function, post-translational modifications of intracellular proteins, and signaling of endogenous gaseous mediators (biosynthesis and metabolism of hydrogen sulfide, carbon monoxide, and nitric oxide)
• Interest in high-throughput techniques (e.g., proteomics)
• Ability to work in the R environment
• Experience in scientific work with laboratory animals or willingness to engage in such work
• Ability to work with clinical biological material and perform primary cell cultures
• Research experience in foreign institutions

Opis zadań:

Oferta pracy dotyczy stanowiska doktoranta (stypendysty) w projekcie finansowanym przez Narodowe Centrum Nauki, Sonata Bis (2023/50/E/NZ4/00360), pt. Celowana komórkowa sygnalizacja cząsteczek siarkowodoru jako brakujący klucz do fundamentalnej i klinicznej interpretacji schorzeń przełyku.

Protokół eksperymentalny opiera się na odpowiednich modelach in vitro schorzeń błony śluzowej przełyku z wykorzystaniem unikatowej kombinacji ludzkich linii komórkowych nabłonka przełyku, w tym modyfikowanych genetycznie techniką CRISPR/Cas9 oraz na mikrochirurgicznym modelu zwierzęcym. Porównawczo, zaplanowano również kliniczną analizę molekularną bioptatów błony śluzowej przełyku pobranych endoskopowo od pacjentów. Projekt zakłada kompleksowe zbadanie mechanizmów biochemicznych i molekularnych biorących udział w rozwoju przełyku Barrett'a z zastosowaniem technik biochemicznych oraz proteomicznych. Ten patologiczny proces może być potencjalnie modulowany przez mitochondrialnie ukierunkowane działanie gazowego mediatora jakim jest siarkowodór (H2S) oraz zależną od biodostępności tej molekuły post-translacyjnej persulfidacji białek wewnątrzkomórkowych. Zakładamy, że procesy te mogą być odwracalne i będziemy w tym celu implementować w warunkach przedklinicznych odpowiednie nowatorskie proleki uwalniające H2S weryfikując skuteczność terapeutyczną oraz prewencyjną takich rozwiązań farmakologicznych. Projekt jest realizowany w wieloośrodkowej współpracy międzynarodowej.

Przykładowe zadania projektowe (pod opieką naukową doświadczonych badaczy):
- prowadzenie hodowli komórkowych w ramach modelu in vitro przełyku Barrett’a celem weryfikacji terapeutycznej efektywności nowych proleków z użyciem metod klasycznych oraz czytnika wielodetekcyjnego w warunkach normoksji oraz hipoksji
- prowadzenie hodowli komórkowych w kierunku oceny zmian aktywności mitochondrialnej pod wpływem badanych związków z użyciem platformy Seahorse®; opracowanie protokołu oraz implementacja nowej metody
- projektowanie i wykonanie oznaczeń molekularnych, w tym m.in. oznaczenie poziomu białek i ich ekspresji z użyciem immunelektroforezy kapilarnej (system Jess® Automated Western Blot), technologii multipleksowania xMAP®
- biochemiczne przygotowanie lizatów komórkowych do oznaczeń proteomicznych oraz persulfidomicznych
- aplikacja badanych substancji oraz zabezpieczenie materiału do dalszych badań laboratoryjnych w ramach prac na modelu zwierzęcym
- projektowanie i wykonanie oznaczeń molekularnych w materiale klinicznym oraz zwierzęcym (w tym opracowanie metody izolacji frakcji mitochondrialnych)
- analiza i archiwizacja danych, przygotowanie publikacji naukowych oraz doniesień konferencyjnych

Task Description (EN):
The job offer concerns a PhD student (fellow) position in a project funded by the National Science Center, Sonata Bis (2023/50/E/NZ4/00360), titled Targeted Cellular Signaling of Hydrogen Sulfide Molecules as the Missing Key to the Fundamental and Clinical Interpretation of Esophageal Disorders.
The experimental protocol is based on appropriate in vitro models of esophageal mucosa disorders using a unique combination of human esophageal epithelial cell lines, including those genetically modified with the CRISPR/Cas9 technique, and a microsurgical animal model. Comparatively, a clinical molecular analysis of esophageal mucosa biopsies obtained endoscopically from patients is also planned. The project aims to comprehensively study the biochemical and molecular mechanisms involved in the development of Barrett's esophagus using biochemical and proteomic techniques. This pathological process may potentially be modulated by mitochondrial-targeted action of the gaseous mediator hydrogen sulfide (H2S) and the post-translational persulfidation of intracellular proteins, dependent on the bioavailability of this molecule. We assume that these processes could be reversible, and to this end, we will implement appropriate innovative prodrugs releasing H2S under preclinical conditions, verifying the therapeutic and preventive effectiveness of such pharmacological solutions. The project is carried out in a multi-center international collaboration.
Example Project Tasks (under the supervision of experienced researchers):
• Conducting cell cultures within the Barrett’s esophagus in vitro model to verify the therapeutic effectiveness of new prodrugs using classical methods and a multi-detection reader under normoxic and hypoxic conditions
• Conducting cell cultures to assess changes in mitochondrial activity under the influence of the studied compounds using the Seahorse® platform; developing the protocol and implementing the new method
• Designing and performing molecular assays, including protein level and expression measurements using capillary immunoelectrophoresis (Jess® Automated Western Blot) and xMAP® multiplexing technology
• Application of the studied substances and securing material for further laboratory research within the animal model studies
• Biochemical preparation of cell lysates for proteomic and persulfidomic assays
• Designing and performing molecular assays in clinical and animal material (including developing the method for isolating mitochondrial fractions)
• Data analysis and archiving, preparation of scientific publications, and conference reports

Typ konkursu NCN: SONATA BIS – NZ
Termin składania ofert: 30 czerwca 2025, 00:00
Forma składania ofert: email
Warunki zatrudnienia:

- gotowość do pracy w ruchomym, ale pełnoetatowym trybie czasowym, zależnym od danego protokołu eksperymentalnego (pełny etat, 40 godzin/tydzień w zadaniowym systemie czasu pracy)
- możliwe 48 miesięcy zatrudnienia (z okresowymi punktami weryfikacyjnymi)
- termin rozpoczęcia pracy: 3 kwartał roku kalendarzowego 2025 r.
- wynagrodzenie: progresywnie, od ok. 5500 – 7000 PLN netto m-c
(całościowo: stypendium wypłacane przez Szkołę Doktorską UJCM + dodatkowe finansowe wsparcie projektowe dla Doktoranta)
- miejsce wykonywania pracy: Ośrodek Biomedycyny i Nauk Interdyscyplinarnych, Wydział Lekarski, Uniwersytet Jagielloński – Collegium Medicum w Krakowie
- praca w dynamicznie rozwijającym się zespole i ośrodku badawczym, realizującym projekty badawcze we współpracy z prestiżowymi jednostkami zagranicznymi (np. Erasmus MC w Rotterdamie (Niderlandy), Georgia State University (USA), Baylor University Medical Center (USA), University of Glasgow (Wielka Brytania), Newcastle University (Wielka Brytania), Uniwersytet Neapolitański Fryderyka II (Włochy); dotychczasowe publikacje zespołu ukazały się w czołowych czasopismach z dziedziny farmakologii, biologii molekularnej, biochemii i gastroenterologii (np. Redox Biology (5-IF= 11.7), Journal of Controlled Release (5-IF=10.6), Acta Pharmaceutica Sinica B. 5-IF=14.1), Nature Communications (5-IF=16.1), Chemical Reviews (5-IF=63.6) i inne); nasz zespół realizował i realizuje wiele projektów finansowanych przez Narodowe Centrum Nauki, Narodowe Centrum Badań i Rozwoju, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego i innych; Ośrodek i projekt są kierowane przez prof. dr hab. n. med. Marcina Magierowskiego (laureata nagrody NCN 2024 w dziedzinie Nauk o Życiu);

Więcej o nas:
- https://gameg.cm-uj.krakow.pl
- https://www.youtube.com/watch?v=FIpYIsoKvYA&t=4s
- https://www.youtube.com/watch?v=L_jIb-10ux8&t=3386s

Employment Conditions (EN):
• Willingness to work in a flexible, full-time schedule, depending on the specific experimental protocol (full-time, 40 hours/week in a task-based working time system)
• Possible employment for up to 48 months (with periodic review points)
• Start date: 3rd quarter of the 2025 calendar year
• Salary: progressively, starting from approx. 5500 – 7000 PLN net per month
(overall: scholarship paid by the Jagiellonian University Medical College Doctoral School + additional project financial support for the PhD student)
• Work location: Center for Biomedicine and Interdisciplinary Sciences, Faculty of Medicine, Jagiellonian University – Collegium Medicum in Kraków
• Work in a dynamic, growing team and research center conducting research projects in collaboration with prestigious international institutions (e.g., Erasmus MC in Rotterdam (Netherlands), Georgia State University (USA), Baylor University Medical Center (USA), University of Glasgow (UK), Newcastle University (UK), University of Naples Federico II (Italy); the team's previous publications have appeared in leading journals in the fields of pharmacology, molecular biology, biochemistry, and gastroenterology (e.g., Redox Biology (5-IF=11.7), Journal of Controlled Release (5-IF=10.6), Acta Pharmaceutica Sinica B (5-IF=14.1), Nature Communications (5-IF=16.1), Chemical Reviews (5-IF=63.6) and others); our team has carried out and is carrying out many projects funded by the National Science Center, the National Centre for Research and Development, the Ministry of Science and Higher Education, and others; The Center and the project are led by Prof. Marcin Magierowski (winner of the NCN 2024 Award in Life Sciences)

More about us:
• https://gameg.cm-uj.krakow.pl
• https://www.youtube.com/watch?v=FIpYIsoKvYA&t=4s
• https://www.youtube.com/watch?v=L_jIb-10ux8&t=3386s

Dodatkowe informacje:

- wymagane dokumenty: CV, list motywacyjny
- mile widziane: referencje od poprzednich pracodawców, opiekunów naukowych
- dla kandydatów aplikujących do Szkoły Doktorskiej Collegium Medicum UJ, kluczowe jest posiadanie wysokiej średniej ze studiów magisterskich i/lub dorobku naukowego (np. współautorstwo publikacji, doniesienia konferencyjne) rokujące na uzyskanie wystarczającej liczby punktów do pozytywnego przejścia procesu rekrutacji (szczegóły: https://szkoladoktorska.cm-uj.krakow.pl/rekrutacja/)
- Zgłoszenia należy wysyłać do prof. dr hab. Marcina Magierowskiego (na adres m.magierowski@uj.edu.pl) do 30.06.2025.

Additional Information:
• Required documents: CV, cover letter
• Optional but preferred: References from previous employers or academic supervisors
• For candidates applying to the Doctoral School of Collegium Medicum Jagiellonian University, it is crucial to have a high average grade from master’s studies and/or scientific achievements (e.g., co-authorship of publications, conference presentations) that indicate the potential to gain sufficient points to successfully pass the recruitment process (details: https://szkoladoktorska.cm-uj.krakow.pl/rekrutacja/)
• Application deadline: June 30, 2025
• Applications should be sent to: prof. dr hab. Marcin Magierowski (m.magierowski@uj.edu.pl)

Data dodania ogłoszenia: 2025-02-10 15:41:37